虛擬對戰世界吸引來自世界各地的爆丸對戰迷，戰力奇高的小彈成進佔排名榜首位， 消息靈通的挑戰者里因竟也和他拉成均勢，對戰場地大爆炸，小彈失去知覺，夢中見到可怕的爆丸戰爭景象。 小彈醒過來，只覺剛才的夢境過於真實，匪夷所思…。

好戰的魯天洛迪亞人已派特務到地球招攬有戰鬥力的爆丸，小彈等人誓和這班人周旋。 里因查探出兩名特務薛圖和列娜的去向，小彈和丸兆馬上和此二人對戰。 激戰間，小彈於劣勢中反敗為勝，成功擊退兩特務，盡顯霸者之風，但在旁的里因卻另有盤算……

來自魯天洛迪亞的公主法比雅視小彈為要找尋的人，雙方一見面便生過節，其後兩人以爆丸對戰， 法比雅更鎖定獨角巨龍就是己方渴望招攬的強手。法比雅敗給小彈，正為未能招攬觸角巨龍而發愁時， 風見駿現身，詳問因由……

積克渴望成為獲認同的爆丸戰士，遂挑戰魯天洛迪亞特務布魯斯。 積克的一鼓牛勁難敵布魯斯的巧妙戰術，結果惨敗。 茱莉的啟示令積克回復信心，調整心情再接再勵，這回果真靠忍耐力逼得布魯斯犯錯。積克戰勝布魯斯，爆丸戰士資格終獲認同。

外星人薛圖和贊妮多前來挑戰，里因請纓和小彈結成雙打，和他們對陣。 激鬥間，里因的邪狼戰士早早被擊潰，只剩小彈以一對二。 小彈的獨角巨龍雖然力量強橫，但最級也寡不敵眾。此戰落敗，小彈並未察覺出里因的奸狡，仍然當他是好友。

魯天洛迪亞特務埃薩現身，小彈欲和他比拼時，外星少女法比雅爭先和埃薩交手，法比雅因場地出現問題而敗陣。 小駿直斥是里因所為，並指里因癲倒是非心懷不軌，里因矢口否認，憤而離去，小彈等人開始懷疑里因， 但丸兆仍投他信任一票。

里因以自己的方法來接近小彈等人，但未獲同伴接納，唯有藉挑戰丸兆來和一眾爆丸戰士劃清界線。 一番激戰後，丸兆僅勝，里田要求丸兆加入其陣營，但丸兆堅拒離棄爆丸戰士，里因知再難收買爆丸戰士之心， 遂表露真正姿態，宣告今後和爆丸戰士誓不兩立。

未能拉攏小彈等爆丸士的里因改變戰略，派手下薛圖等人前來挑釁，目的只是要小彈一眾留在爆丸Inter Space。 小彈等人以高強爆丸戰鬥力壓服對手時，里因啟動程式，將整個爆丸Inter Space納入根達魯迪亞的掌控內， 但小彈一眾則被排除在外。

里因操控Inter Space，令小彈等人被隔絕在外。經一番努力，小彈和積克成功潛進Inter Space， 並和受里因操控的兩少年對戰。 經一番激戰，小彈和積克勝出，兩少年亦回復清醒。Inter Space續被里因佔據，小彈一眾誓要奪回這對戰平台， 好讓一眾小孩可繼續亨受爆丸對戰之樂。

里因得帝王帕李奧迪斯賞識，闊別暗無天日的生活，一躍成為遠征地球的統帥。 丸兆和法比雅進入被佔奪的爆丸Inter Space，以聲東擊西之計套取保安系統數據，但卻為里因所察覺。 里因未趕盡殺絕，還留丸兆和法比雅一條生路，目的為何，耐人尋味。

魯天洛迪亞騎士拉拿斯來到地球，欲將兵家必爭的「元素」交給法比雅，但卻遇上對頭的根達魯迪亞特務艾薩。 拉拿斯得風見駿之助，和艾薩、里因這對組合展開爆丸戰，一番激戰後，拉拿斯一方落敗， 爆丸烈昂武士連同「元素」齊落入敵手。

為奪回藏有「元素」的爆丸烈昂武士，小彈一眾闖進爆丸Inter Space。 好勝的根達魯迪亞戰士薛圖為報一箭之仇挑戰小彈，交戰下，獨角巨龍力壓雷使鬥士， 薛圖欲祭出烈昂武士收復失地，但內裏的「元素」力量竟助獨角巨龍進化。

根達魯迪亞特務贊妮多挑戰小彈，欲搶回獨角巨龍身上的「元素」力量，唯進化後的獨角巨龍力量不凡， 贊妮多只能出陰招頑抗，最後鎩羽而歸。 里因得知小彈等人要前赴魯天洛迪亞，大驚下前來阻止，但來遲半步，目送小彈一眾出發。

小彈和法比雅力戰來犯的史高迪亞和埃薩。 戰鬥間，小彈一直按兵不動，史高迪亞和埃薩不虞有詐，及見小彈出手，所用的爆丸竟是小駿的猛鷹戰士時才恍然大悟， 小彈和法比雅已爭取到足夠時間讓小駿帶着獨角巨龍突圍。

小彈和小駿以交換爆丸之法聲東擊西，打敗來犯的加莎里娜和列娜之餘更成功啟動第二號護盾，阻截了敵軍的猛攻。 基爾教唆列娜殺害加莎里娜以逃罪責，但加莎里娜先下手為強處決了列娜。里因目睹血腥的爭鬥，若有所思……

積克急於進攻根達魯迪亞，竟獨自輕出，恰巧遇上落難敵人里因和埃薩。 法比雅趕來助戰，雙方二鬥二，難分難解，最後積克一方獲勝。敗兵埃薩自絕以謝主子。 根達魯迪亞陣營暗鬥不絕，里因身處其中，吉凶難料……

根達魯迪亞元老級戰將拿扎克夥拍里因在前線和丸兆及法比雅展開爆丸激戰，鬥得難分難解時聖潔爆靈大發雷霆， 阻止戰鬥繼續。拿扎克看出聖潔爆靈神聖不可侵犯，與主子帕李奧迪斯意見相違，決定叛變， 且邀得一直不得志的加莎里娜加盟。

根達魯迪亞戰將贊妮多力量微薄，唯有靠變身術來討好上級，其夢想是學習地球爆丸戰士、 和身邊的爆丸成為「好拍檔」。贊妮多盡心盡力為上司工作，雖然立下大功，但一樣被處決， 瀰留間和爆丸剛鬥武士心神互扣，此時方知自己早已如願，身邊有「好拍檔」。

根達魯迪亞起政變，元老級戰將拿扎圖謀反，但帝皇帕李奧迪斯早作好準備，及時阻截拿扎克投向魯天洛迪亞。 一場爆丸戰，拿扎克絕命於帕李奧迪斯之手，小彈一眾在魯天洛迪亞呆等拿扎克不果，意識到戰爭必將持續， 和平仍是遙遠的奢望。